Le mariage de Marguerite de Lorraine avec René, duc d'Alençon aura lieu en mars 1488 à Paris. Il a 43 ans, elle 26. Quand elle arrive à Alençon, l’église Notre Dame est en construction, elle n’a encore ni voutes, ni vitraux, ni porche ; la nef de l’église Saint Léonard de Noblac est inachevée. Tous ces travaux se finiront sous son gouvernement.

En 1497, elle demande l’autorisation de construire un couvent de clarisses à Alençon sur l’île de Jaglolay, île formée par la Briante dans le parc du château. La première communauté s’y installe en juillet 1501.