A Mortagne ,  Marguerite de Lorraine en avril 1499, elle introduit les sœurs de Ste Elisabeth de Hongrie à l’hôpital de Mortagne. Elle fonde près de l'Hôpital un monastère de Clarisses.

En 1512, elle achète une maison près du couvent à Mortagne. Elle avait trouvé le financement pour la construction de l’église Notre Dame de Mortagne.  L'été, elle vit à Mortagne où elle suit les offices d’une religieuse hospitalière. 

Ce n’est qu’en 1498  que Marguerite de Lorraine  aura l’assurance de conserver la tutelle de ses enfants.

Un an plus tard, elle cherche une campagne pour ses enfants : ce sera Mauves, dans le Perche, où elle fait réédifier le château en ruines. C’est à Mauves que les enfants seront élevés.